Kent, 10. yüzyıldan 13. yüzyılın ortasına kadar Macaristan’ın başkentliğini yaptı. Estergon, I. Süleyman’ın 1529 yılında gerçekleştirdiği I. Viyana Seferi sırasında geçici olarak, 1543 yılında gerçekleştirilen kuşatma sonucunda kesin olarak Osmanlı egemenliğine geçti. Şehir, fetihten sonra Osmanlı İmparatorluğu’nun kuzeybatı sınırındaki konumu itibarıyla önemli bir sancak merkezi oldu.
1595 yılında Almanlar tarafından işgal edilen Estergon, Sokolluzade Lala Mehmed Paşa tarafından yeniden Osmanlı topraklarına katıldı ve 1683 tarihinde Almanlar tarafından işgaline kadar Osmanlı sancağı olarak kaldı.
Günümüzde kent, ağırlıklı olarak din turizmi odaklı ziyaret ediliyor. Bunun nedeni, Macar Katolikliğinin önde gelen merkezi olan Estergon’da çok sayıda dini yapının bulunması.