İki milyon yıl evvel başlayan bu oluşum, mağaranın tavanı çöktüğünde keşfedilmiş ve 2002 yılında halka açılmış. Düden-kaynak, çöküntü obruğu pozisyonlu faal bir mağara olan “Kaklık Mağarası”nın etrafı; Mesozoik kireçtaşları, Eeosen marn, kil, kumtaşı ve konglomeraları, miyosen-pliyosen yaşlı kil, kum, Marn ve kalkerler ile kuveternere ilişkin traverten ve alüvyonlardan meydana gelmiş. Hal olarak obruk elişim özelliği gösteren mağaranın içinde büyük bir traverten kitlesi bulunuyor.
Travertenler mağaranın çabucak yakının da bulunan Kokarhamam Pınarı (Haydarbaba Pınarı) sularının mağaraya şelaleler yaparak akması sonucu oluşmuş. Basamaklar halinde havuzlardan oluşan travertenlerin gelişimleri hala devam ediyor. Ayrıyeten mağaranın kuzey duvarından küçük şelaleler halinde sızan sular da, yer yer duvar travertenleri oluşumuna katkı sağlıyor. Daire formlu geniş bir ağzı olan Kaklık Mağarası’nın büyük bir kısmı güneş ışınları alıyor. Bu nedenle mağara duvarlarında yosun ve küçük sarmaşıklar gelişmiş. Gün içinde yeşilin değişik tonlarında renkler alan bitkiler, mağaraya son derece enteresan özellikler katıyor.
Mağara içerisinde bol ölçüde termal su bulunuyor. Yılın her mevsimi 24 derece sabit sıcaklıkta olan berrak, renksiz ve kükürt kokulu bu termal su varlığının, antik çağlardan bu vakte kimi cilt rahatsızlıklarına da düzgün geldiği biliniyor. Günümüzde bir doğal müdafaa alanı olan ve uzunluğu 190 metre olan Kaklık Mağarasına ahşap bir merdivenle iniliyor. İçeri girdiğinizde, daire biçiminde bir yol oluşturan tahta platformlar, sizi travertenlerin etrafında dolaştırıp girişe geri getiriyor. Honaz Belediye Lideri Yüksel Kepenek, vazifeye geldikleri birinci andan itibaren Kaklık Mağarası’nın tekrar düzenlenmesi, yerli ve yabancı turizme kazandırılması ve tanıtımı için ağır uğraş sarf ettiklerini, eski bakımsız halini ortadan kaldırarak, tertemiz ve ilgi cazibeli bir hale getirdiklerini söylüyor.