2011 yılından itibaren, müzeye dönüştürülerek Sabuncuoğlu Şerefettin Tıp ve Cerrahi Tarihi Müzesi adını alan yapı, İlhanlı Hükümdarı Sultan Mehmet Olcaytu ve hanımı Uduz Hatun adına Anber Bin Abdullah tarafından 1308-1309 yılında yaptırılmış. Yapıda, Anadolu Selçuklu mimarisinin orijinal sütun başlıkları olan geometrik yaprak tezyinatlı ve mukarnaslı sütun başlıkları kullanılmış.
Türk üçgenlerinden meydana gelen ters dönmüş sütun başlıkları, Anadolu Selçuklu mimarisinde ilk defa bu mimari eserin cephe kenarlarında denenmiş. Bina kesme taşlardan örülmüş ve iki köşesine silindir şeklinde dayanaklar yaptırılmış. Sadece Amasya Bimarhanesi’ne mahsus bir özellik olarak kapı kilit taşında diz çökmüş vaziyette insan kabartması mevcut.
Müzeye adını veren ve bahçesinde bahçesinde heykeli bulunan Sabuncuoğlu Şerefeddin, Fatih Sultan Mehmet döneminin hekimlerindendi. Bimarhane’ye 17 yaşında gelen ve 14 yıl görev yapan Sabuncuoğlu Şerefeddin, hem tedavi yöntemleri hem de tıp alanında yazdığı eserlerle yaşadığı dönem ve sonrasının önemli tıp alimlerindendi. Şifahane olarak kullanılığı dönemin atmosferini yansıtan canlandırmaların yer aldığı müze, Mehmet Paşa Caddesi üzerinde yer alıyor ve Pazartesi günleri hariç her gün 09.00 – 18.00 saatleri arasında ziyarete açık tutuluyor.