Ancak özellikle Ayasuluk Tepesi’nde ve Çukuriçi Höyüğü’nde yapılan kazılar, yakın civarda günümüzden 8 bin yıl öncesinden itibaren Neolitik yerleşmeler olduğunu ortaya çıkardı. Yine aynı kazılar, Efes’in Erken Tunç Çağı’nda kurulduğu ve Ayasuluk Tepesi’nin daha da eskiye dayanan ilk Efes yerleşmelerinden biri olduğunu ortaya koymuştu. Diğer yandan, Hitit Dönemi’nde Batı Anadolu’da İmparatorluk’a bağlı Arzava – Mira Krallıklarının başkenti olan Apasas’ın da Ayasuluk Tepesi olduğu kesinleşmiş gibi.
Helenistik ve Roma Dönemleri’nde Efes’te gelişen kentin Bizans Dönemi’nde yeniden Ayasuluk Tepesi’ne geldiği, 1330 yılında Türkler tarafından alındığı ve Aydınoğulları Beyliği’nin başkentliğini yaptığı bilinen bu yerleşim, 16. yüzyıldan itibaren daralmaya başlamış. Ayasuluk Tepesi’nin en yüksek yerine inşa edilmiş olan iç kale Selçuk İlçesi’nin başına konulmuş bir taç gibi görünmekte. İçinde cami ve sarnıç kalıntıları da bulunan kalenin halen ayakta duran duvarları Bizans, Aydınoğulları ve Osmanlı dönemlerine ait.
Ayasuluk Tepesindeki önemli tarihi yapılar arasında St. Jean Bazilikası da bulunuyor. St. Jean’ın mezarı üstüne Bizans imparatoru Justinianus tarafından M.S. 1. yüzyılda inşa ettirilen St. Jean (Aziz Yahya) Kilisesi, dönemin en büyük yapılarından biri. Altı kubbeli kilisenin merkez kısmında St. Jean’ın mezarı bulunuyor. Kubbesi 12 sütunla desteklenen kilisede, M.S 4.yüzyıla tarihlenen bir vaftizhane de yer alıyor. Bazilikanın kapısı da özel bir ilgiyi hak ediyor. Haç planlı ve 130×65 m boyutlarındaki bu kilise, Efes’te Artemis Tapınağı’ndan sonra inşa edilmiş en büyük dini yapı olma özelliğine sahip.
