2015 yılında Denizli Müze Müdürlüğü tarafından, Bilimsel Danışman Doçent Doktor Fulya Dedeoğlu’nun önderliği ile başlayan ve 2020 yılında Cumhurbaşkanlığı kararı ile Ege Üniversitesi’nden Doçent Doktor Fulya Dedeoğlu’nun kazı Başkanı olmasıyla bambaşka bir boyut kazanan kazı çalışmalarında ortaya çıkan bulgular heyecan yaratıyor. İzmir Demokrasi Üniversitesinden Doç. Dr. Erim Konakçı, Pamukkale Üniversitesinden Doç. Dr. Ali Ozan, Trakya Üniversitesinden Doç. Dr. Başak Boz, Ahi Evran Üniversitesinden Doç. Dr. Gülçin İlgili Bertram başta olmak üzere çok sayıda uzman ismin katıldığı kazı çalışmaları, hem Batı Anadolu’daki ve belki de Avrupa’daki ilk çiftçilerin daha iyi anlaşılmasına yönelik önelli ipuçları içeriyor.
Ekşi Höyük yeni bir kazı olmasına rağmen, Göller Yöresi’nden başlayarak, Yukarı Menderes Havzası’ndan Kıyı Ege’ye değin uzanan tüm alanda, yerleşik yaşamın ve çiftçiliğin başlangıcı, bu toplulukların mimari gelenekleri ve düşünce tarzları, maddi kültür öğeleri ve bunların zaman içerisinde gösterdikleri dönüşüme ve bölgeler arası ilişkilerine dair birçok konuda bilgi üretiyor. Ekşi Höyük, deniz seviyesinden 819 metre yüksekliğe sahip, doğu-batı uzantılı yaşlı gölsel tabakalardan oluşan doğal bir tepe üzerine kurulmuş. Yaklaşık 2 hektarlık bir alana yayılan yerleşimin kuzeyinde Büyük Menderes Irmağı, güneybatısında ise hali hazırda kurumuş, ancak yağışlı zamanlarda beliren küçük bir göl yer alıyor. Ekşi Höyük’ün Çivril ve Baklan düzlüklerinin oluşturduğu havza tabanını Çal Platosuna bağlayan doğal güzergâhın başlangıç noktasında yer alan konumu, yerleşimde yaşamış toplulukların çevre bölgelerle iletişim ve buna bağlı olarak etkileşimine imkân sağlamış.
Ekşi Höyük’ün, bugüne kadar yürütülen kazı çalışmalarında henüz kurulum tabakasına ait verilere henüz ulaşılamakla birlikte 7 yapı katı tespit edildi. Gerçekleştirilen kazılar, yerleşimdeki iskanın MÖ 7. Bin yılın ilk çeyreğinde başladığını, MÖ 6. Bin yılın ortalarına kadar büyük oranda süreklilik göstererek devam ettiğini ortaya koyuyor. Yerleşimin bugüne kadarki kazılarda tespit edilen en erken tabakaları olan 7. ve 6. tabakalar, kırmızı kireç tabanlı dörtgen yapılar ile tanımlanmakta olup, göreli ve mutlak tarihlemelere göre M.Ö 6780-6600 yılları arasına tarihlenmekte. Bu tabakaların hemen üzerinde, apsidal yapılar ile tanımlanan 4. ve 5. tabakalar yer alıyor. 5. tabakaya verilerin sınırlı olması şimdilik, söz konusu tabakanın başlangıcına ilişkin net bir bilgi elde edilmesini engelliyor.
4b ve 4a olmak üzere iki belirgin evresi tanımlanan 4. tabakanın ise M.Ö 6200-6000 yılları arasındaki sürece işaret ediyor. 4. tabakadan herhangi bir kesinti olmaksızın devam eden 3. tabaka bulguları, tabakanın M.Ö 6000-5700 yılları arasına ait olabileceğini, 2. tabaka olarak adlandırdığımız ancak yalnızca seramikler ve yanık taban parçaları ile tanımlanan tabakanın bulguları ise M.Ö 5500-4500 yılları arasını işaret ediyor. 2. tabakanın ardından yerleşimde son derece uzun süren bir boşluk yaşanmış. Yerleşimin son kullanımı ise 1. tabaka olarak adlandırılan mezarlık alanı olup radyokarbon verilere göre MS. 10-11. yüzyıla tarihlenmekte.