Rum Ortodoks Cemaati tarafından 19. yüzyılın ikinci yarısında yapılan kilise işlevini 1922 yılındaki İzmir Yangını’nda, Ermenilerin hasar görmeyen tek yapısı olmasına rağmen yitirmiş. Cemaatinin İzmir’den ayrılması üzerine yıllarca terk edilmiş bir durumda kalan kilise, 1924 yılının Şubat ayında Atatürk’ün isteği üzerine Asar-ı Atika Müzesi’ne dönüştürülmüş.
Kültür Bakanlığı tarafından opera çalışma salonu olarak hizmet veren yapı, talihsiz bir yangın sonrasında kullanılamamış. Cumhuriyet’in ilanı ile müzecilik çalışmalarının önem kazanmasıyla birlikte, kimi kabartmalar, heykeller, frizler ve birçok tarihi eser kurtarılarak bahçesine konmuş.1951 yılında ise müze buradan fuar alanına taşınmış. Mülkiyeti Maliye Hazinesi’ne ait olan yapı, 17 Ocak 1975 tarihinde korunması gerekli kültür varlığı olarak tescil edilmiş.
Yapı, 2003 yılında İzmir Büyükşehir Belediyesi’ne tahsis edildikten sonra 2004-2007 yılları arasında İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü Mimarlık Fakültesi Mimari Restorasyon Bölümü tarafından hazırlanan restorasyon projesi, İzmir 1 Numaralı Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu’nca gerçekleştirilmiş, Aralık 2008’de yer tesliminin ardından restorasyon çalışmaları başlamış. İzmir’in Basmane semtinde bulunan Aziz Vukolos Kilisesi Restorasyon Projesi ve Uygulama Projesi İzmir 1 Numaralı Kültür ve Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu’nun onayı ile, İzmir Büyükşehir Belediyesi tarafından gerçekleştirilmiştir. Bugün ise kültür merkezi ile basın müzesi olarak hizmet vermekte.