Yapım tarihi 1136 olan ve Latin işgalinde zarar gören kiliseye Katolik rahipler el koymuş. Üç ayrı şapelin bir araya gelmesinden oluşan yapı, aynı zamanda Ayasofya’dan sonra İstanbul’da ayakta kalan en büyük eski kilise. Pantokrator Manastırı, İstanbul’un fethinden sonra Fatih Külliyesi Medreseleri yapılana kadar medrese olarak kullanılmış, cami Zeyrek ismini; medresenin müderrisi olan Molla Zeyrek Mehmed Efendi’den almış.
Zeyrek Camii, 18 yy.da büyük bir onarımdan geçirilmiş ve bu onarım esnasında dönemin mimari anlayışıyla paralel olarak, barok kesitlere vurgu yapılmış. 1950’li yıllara doğru yine harap duruma düşen yapı, 1966 yılında Vakıflar idaresi tarafından restore edilmiş, bu restorasyon sırasında çürüyen ahşap döşeme kaldırılınca, süslemeli zemin işlemeleri ortaya çıkmış.
Ayrıca, Kariye Camisi’nin minberi de buraya taşınarak namaz mekânı meydana getirilmiş. Günümüzde, Pantokrator Manastırı’ndan görünür bir iz ve kalıntı olmasa da caminin çevresinde daha önceleri manastırın altında olduğu anlaşılan değişik ölçülerde sarnıçlar mevcut. Tek şerefeli tek minaresi olan Zeyrek Camii, tuğla ile örülmüş ve toplam beş kubbe ile tavan örtü sistemi meydana getirilmiş. Yüzyılların tanığı olan tarihi yapı, ziyaretçilerini geçmişte bir zaman yolculuğuna çıkarmaya devam ediyor.
