Mozaiklerdeki derinlik fikri ve figürlerdeki hareketli üslup; Orta Çağ’da Rönesans Dönemi’ni haber veren üstün bir sanatsal değer taşıyor. Kariye, Eski Yunanca’da kent dışı, kırsal alan, anlamındaki Chora sözcüğünün Türkçeleşmesiyle ortaya çıkmış bir isim. Çünkü eski kilise ve manastır İstanbul surları dışında kalıyordu. Kariye Müzesi, Farklı dönemlerde çeşitli yapılandırma süreçlerinden geçmiş olan Khora Kilisesi’nin tarihi 6. yy’a kadar dayandırılmaktadır.
Yapı manastır komplesksinin bir parçası olarak o zamanlarda kent surlarının dışında kalan Edirnekapı semtinde inşa edilmiş ve günümüzedeki haline 14. yy’daki köklü onarım ve eklemeler ile gelmiştir. Önemli dini merasimlerde saray kilisesi ve şapeli olarak kullanılan Kariye, sonra da bir süre kilise işlevi görmeye devam etti. 1511 yılında II. Bayezid’in sadrazamı Atik Ali Paşa tarafından camiye dönüştürüldü. O döneme ilişkin detaylar, güneybatı köşedeki minare ve ana mekanın doğusunda yer alan mihraptan ibaret.
1945’te müzeye dönüştürüldü; 1948 ve 1958 yıllarında restore edilen yapının, 2013 yılında başlayan restorasyon çalışmaları da hala devam etmekte. Müze 14. yüzyılda yapılan hayranlık uyandırıcı fresk ve mozaiklerini Logothetes, hazine sorumlusu, Theodoros Metokhites’e borçlu. Dış nartekste (Doğu Roma bazilika ve kiliselerinde genellikle batı giriş bölümü) Hz. İsa’nın hayatı, iç nartekste ise Hz. Meryem’in hayatını anlatan mozaikler bulunuyor. Canlı bir anlatıma sahip olan freskler de Hıristiyan teolojisinden önemli sahneleri betimliyor. Kariye’nin renkli ve kaliteli zemin ve duvar yüzeylerindeki mermer süslemeleri de ilgiyi hak ediyor.